原理：
在真核细胞中，各种mRNA以不同丰度构成了总RNA的1%。一般来说，5-10个高丰度表达基因转录在单个细胞中可达到几千个拷贝，占mRNA的20%，500-2000个中等丰度表达基因转录在单个细胞中有几百个拷贝，占mRNA的40-60%；而剩下20-40%的mRNA则是由一到几十个拷贝的低丰度转录本组成。这种基因转录水平上的巨大差异使大规模的转录分析复杂化，导致多丰度cDNA的重复测序，给文库的筛选和分析带来障碍。
cDNA的均一化降低了高拷贝基因的丰度，使在cDNA样本中的基因浓度趋于一致，因此可以大大提高测序的效率和发现极低丰度基因的能力。
利用Duplex-Specific Nuclease（DSN）进行cDNA均一化是一种可应用于全长丰富的cDNA均一化的高效方法。此方法基于核酸杂交动力学和双链DNA特异的DSN酶的独特特性。
DSN是来自红金蟹的一种特异性核酸酶，具有热稳定性，在60-65℃时具有最大活力，即使在70℃高温孵育20min后仍然具有25%的活力，正是由于DSN的热稳定性，在cDNA复性条件下dsDNA降解，可以防止二级结构和ss cDNA片段里的adapter sequences非特异性杂交的形成。
复性过程中，高丰度基因更频繁地转变为双链的cDNA。这样，就明确地形成了两部分：高风度的cDNA部分和均一化的单链cDNA，接着双链cDNA被DSN降解；ss cDNA可经PCR放大，对PCR引物和条件进行了优化，减少对更短片段的扩增趋势。
可进行均一化的cDNA的制备应该基于总RNA或者poly（A）+RNA，并且在两端应该含有已知的adapter sequences以用于PCR扩增。对于构建全长cDNA文库来说，RNA的质量是至关重要的。在cDNA合成过程中，可用多种方法在cDNA末端引入侧翼序列，如：adapter连接和模板交换法。
利用DSN均一化已成功用于多种动物和植物模型，这种灵活的均一化方法稍加修改即可应用于多种用途。
应用：
DNA normalization技术是一种新型的高效平衡化未克隆的全长富集cDNA的有效方法。Trimmer-2试剂盒是Evrogen公司独有产品，利用DNA normalization技术，高效降低高丰度表达基因、富集低丰度表达基因，得到的cDNA包含相等浓度的不同基因，可应用于cDNA文库的构建和直接测序，以及在后续的测序平台Illumina/Solexa、 ABI / SOLiD和Roche / 454上的高通量测序。另外，这个试剂盒还与构建cDNA的ClontechSMART-based kit兼容，来用于cDNA均一化。
特点：
l 快速有效地降低在文库中高拷贝存在的cDNA 的丰度
l 克隆文库前对全长丰富的cDNA进行均一化
l 操作简单，无需物理分离步骤
l 与Illumina /Solexa,，ABI / SOLiD和Roche / 454的测序实验完全相容
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品牌 |
货号 |
品名 |
规格 |
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Evrogen |
NK003 |
Trimmer-2 cDNA normalization kit |
For 10 reactions |
典型结果图：
(A) Agarose/EtBr gel-electrophoresis of non-normalized (1) and normalized (2) human cDNA samples;
(B) concentration of abundant transcripts in these samples revealed by Virtual Northern blot. GPDH – glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase; UBC – ubiquitin C; M, 1-kb DNA size markers (SibEnzyme).
(C) Normalization significantly increases gene discovery rate of cDNA library. Transcript distribution in standard and normalized cDNA libraries from Aplysia neurons: yellow – all sequences, blue – unique sequences; green – non-unique sequences
